Dokumenty księgowe, które należy przechowywać to: księgi podatkowe (dla pełnej księgowości – księgi rachunkowe, dla uproszczonej: KPiR), ewidencje, rejestry VAT sprzedaży i zakupów, dowody księgowe, dokumenty inwentaryzacyjne (spis z natury), sprawozdania finansowe. Przy zamykaniu roku podatkowego dokumenty księgowe powinny zostać uzupełnione o kopię rocznej deklaracji podatkowej. 

Aby móc przechowywać dokumenty księgowe w formie elektronicznej, należy pamiętać, aby zapisać dokumenty księgowe na dysku twardym komputera w plikach elektronicznych (np. jako pliki PDF) i przechowywać je w odpowiednio stworzonym do tego systemie folderów. Dzięki temu nawet bez dostępu do internetu czy przy chwilowej utracie łączności z aplikacją księgową można odnaleźć właściwe wystawione wcześniej dokumenty elektroniczne. 

Faktury elektroniczne, podobnie jak faktury w formie papierowej należy przechowywać do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, to znaczy przez 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, czyli od 30 kwietnia roku następnego.

Przedsiębiorca może przechowywać w wersji elektronicznej: księgę przychodów i rozchodów (KPiR), rejestry VAT sprzedaży i zakupów, faktury sprzedażowe oraz kosztowe wystawione bądź otrzymane od kontrahenta w formie elektronicznej oraz faktury papierowe po ich zeskanowaniu, ewidencję wyposażenia oraz ewidencję środków trwałych.

Należy pamiętać, że przechowywanie dowodów księgowych w formie elektronicznej nie ma zastosowania w odniesieniu do: ewidencji przychodów (ryczałt), dowodów wewnętrznych – przychodowych i kosztowych, ewidencji sprzedaży bezrachunkowej, raportów z kasy fiskalnej zarówno dobowych jak i miesięcznych i ewidencji przebiegu pojazdu.