W MPP płatność za nabyty towar lub usługę jest dokonywana w taki sposób, że zapłata całości lub części kwoty odpowiadającej wartości sprzedaży netto wynikającej z faktury jest płacona przez nabywcę na rachunek rozliczeniowy/rachunek dostawcy lub jest rozliczana w inny sposób. Zapłata odpowiadająca kwocie VAT (w całości lub w części) jest płacona na specjalny rachunek bankowy dostawcy – rachunek VAT. 

Od 1 lipca 2018 r. stosowanie mechanizmu podzielonej płatności jest dobrowolne. Przyznanie inicjatywy co do wyboru stosowania mechanizmu podzielonej płatności nabywcy nie oznacza jednak, że sprzedawca nie może zastrzec w umowie, iż nie chce stosować takiej formy rozliczeń. Kontrahenci mają w tym zakresie swobodę, wynikającą z zasady swobody umów i sami decydują, w jaki sposób dokonują rozliczeń przeprowadzanych transakcji.
Nabywca decyduje, którą fakturę zapłaci z zastosowaniem MPP, w jakiej części oraz wobec którego dostawcy.