Przedsiębiorcy mogą z rachunku VAT korzystać na bieżąco – nie muszą przetrzymywać zgromadzonego tam podatku aż do chwili, gdy podatek naliczony wykażą w deklaracji VAT. Jednym z celów, w związku z którymi można dysponować rachunkiem VAT jest – jak wskazuje art. 62b ust. 2 ustawy Prawo bankowe – dokonywanie płatności kwoty odpowiadającej kwocie podatku od towarów i usług z tytułu nabycia towarów lub usług na rachunek VAT.

W efekcie środkami, które wpłyną na rachunek VAT można zapłacić za fakturę otrzymaną od kontrahenta – za nabywane wyroby i usługi.

Dopuszczalne jest również przekazywanie środków w sytuacji, gdy dokonuje się rozliczeń korygujących oraz eliminowaniu błędnych przelewów.

Zapłata na rzecz kontrahenta – odbywać musi się na jego rachunek VAT i dotyczyć powinna wyłącznie kwoty VAT wykazanej na fakturze otrzymanej od tego kontrahenta. Zapłata na rachunek VAT wyższej kwoty niż ta, którą podano w fakturze jest możliwa – jednak przez kontrahenta jest nie do odzyskania dla celów bieżącej działalności (musi składać odpowiedni wniosek do urzędu skarbowego o możliwość dysponowania tymi środkami). Z rachunku VAT nie można płacić za tę część ceny towaru lub usługi – która jest kwotą netto.

Zatem między stronami umowy powinna obowiązywać zasada – z rachunku VAT -> na rachunek VAT i tylko w części w jakiej jest to kwota VAT. 

Okazuje się, że podatnik może dokonywać z rachunku VAT płatności za nabycie towarów lub usług, których nie kupuje jako związane z działalnością opodatkowaną – lecz z działalnością zwolnioną z VAT.

Z konta VAT stosowanego w mechanizmie split payment, czyli podzielonej płatności, będzie można opłacić również: VAT od importu, akcyzę, cło, podatek dochodowy, ZUS. Z konta VAT będzie można płacić BLIK-iem.